IDENTIFIKASI POLA KASUS COVID-19 DI DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA (DIY) BERBASIS STUDI "IN SILICO"

31170145, Arimatea Aruaini (2022) IDENTIFIKASI POLA KASUS COVID-19 DI DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA (DIY) BERBASIS STUDI "IN SILICO". Final Year Projects (S1) thesis, Universitas Kristen Duta Wacana.

	Text (Skripsi Biologi) 31170145_bab1_bab5_daftarpustaka.pdf Download (4MB)
	Text (Skripsi Biologi) 31170145_bab2 sd bab4_lampiran.pdf Restricted to Registered users only Download (3MB) | Request a copy

Abstract

Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) atau Yogyakarta merupakan salah satu provinsi di Indonesia yang terdampak pandemi COVID-19. Analisis in silico terhadap 70 sekuens whole genome SARS-CoV-2 di DIY dilakukan untuk mempelajari pola kasus COVID-19 di Yogyakarta. Data diperoleh dari database GISAID EpiCoV dengan waktu koleksi sampel dari Maret 2020 hingga Juni 2021. Pendekatan serupa juga dilakukan untuk 58 sekuens dari data Jakarta pada waktu koleksi sampel yang sama. Pohon filogenetik dari data Yogyakarta menunjukkan bahwa sampel SARS-CoV-2 yang dikoleksi pada waktu yang berdekatan akan membentuk klaster yang sama, sedangkan data di Jakarta menghasilkan klaster dengan waktu koleksi sampel yang tidak berdekatan. Data di Yogyakarta juga menunjukkan pengelompokan varian delta pada Juni 2021. Bersamaan dengan hal tersebut, terjadi peningkatan jumlah kasus COVID-19 harian di Yogyakarta. Pohon filogenetik yang dibentuk dari data varian delta di Indonesia menunjukkan bahwa varian delta yang ditemukan di Yogyakarta membentuk satu klaster dengan varian delta yang ditemukan di Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT). Melalui penelitian ini, diketahui bahwa sebagian besar kasus COVID-19 di Yogyakarta merupakan kasus transmisi lokal, sedangkan kasus Jakarta sebagian besar merupakan kasus luar daerah. Kenaikan jumlah kasus harian di Yogyakarta diduga disebabkan oleh dominasi varian delta di Yogyakarta. Varian delta di Yogyakarta diketahui memiliki kekerabatan genetik dengan varian delta yang ditemukan di NTT meskipun secara geografis kedua provinsi tersebut berjauhan.

Actions (login required)

View Item