eprintid: 6838
rev_number: 10
eprint_status: archive
userid: 40
dir: disk0/00/00/68/38
datestamp: 2022-05-10 03:28:38
lastmod: 2022-05-10 03:28:38
status_changed: 2022-05-10 03:28:38
type: thesis
metadata_visibility: show
contact_email: repository@staff.ukdw.ac.id
creators_name: 31170145, Arimatea Aruaini
creators_id: arimateaaruaini@gmail.com
contributors_type: http://www.loc.gov/loc.terms/relators/THS
contributors_type: http://www.loc.gov/loc.terms/relators/THS
contributors_name: Satwika, Dhira
contributors_name: Aditiyarini, Dwi
contributors_id: 0514076601
contributors_id: 0522019102
corp_creators: Universitas Kristen Duta Wacana
title: IDENTIFIKASI POLA KASUS COVID-19 DI DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA (DIY) BERBASIS STUDI "IN SILICO"
ispublished: pub
subjects: Q1
subjects: QR180
subjects: QR355
divisions: bioteknologi
full_text_status: restricted
keywords: Studi in silico, COVID-19, Daerah Istimewa Yogyakarta, varian Delta, SARS-CoV-2, whole genome sequencing
abstract: Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) atau Yogyakarta merupakan salah satu provinsi di Indonesia yang terdampak pandemi COVID-19. Analisis in silico terhadap 70 sekuens whole genome SARS-CoV-2 di DIY dilakukan untuk mempelajari pola kasus COVID-19 di Yogyakarta. Data diperoleh dari database GISAID EpiCoV dengan waktu koleksi sampel dari Maret 2020 hingga Juni 2021. Pendekatan serupa juga dilakukan untuk 58 sekuens dari data Jakarta pada waktu koleksi sampel yang sama. Pohon filogenetik dari data Yogyakarta menunjukkan bahwa sampel SARS-CoV-2 yang dikoleksi pada waktu yang berdekatan akan membentuk klaster yang sama, sedangkan data di Jakarta menghasilkan klaster dengan waktu koleksi sampel yang tidak berdekatan. Data di Yogyakarta juga menunjukkan pengelompokan varian delta pada Juni 2021. Bersamaan dengan hal tersebut, terjadi peningkatan jumlah kasus COVID-19 harian di Yogyakarta. Pohon filogenetik yang dibentuk dari data varian delta di Indonesia menunjukkan bahwa varian delta yang ditemukan di Yogyakarta membentuk satu klaster dengan varian delta yang ditemukan di Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT). Melalui penelitian ini, diketahui bahwa sebagian besar kasus COVID-19 di Yogyakarta merupakan kasus transmisi lokal, sedangkan kasus Jakarta sebagian besar merupakan kasus luar daerah. Kenaikan jumlah kasus harian di Yogyakarta diduga disebabkan oleh dominasi varian delta di Yogyakarta. Varian delta di Yogyakarta diketahui memiliki kekerabatan genetik dengan varian delta yang ditemukan di NTT meskipun secara geografis kedua provinsi tersebut berjauhan.
date: 2022-03-22
date_type: published
pages: 30
institution: Universitas Kristen Duta Wacana
department: Biologi
thesis_type: skripsi
thesis_name: other
citation:   31170145, Arimatea Aruaini  (2022) IDENTIFIKASI POLA KASUS COVID-19 DI DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA (DIY) BERBASIS STUDI "IN SILICO".  Final Year Projects (S1) thesis, Universitas Kristen Duta Wacana.   
document_url: https://katalog.ukdw.ac.id/6838/1/31170145_bab1_bab5_daftarpustaka.pdf
document_url: https://katalog.ukdw.ac.id/6838/2/31170145_bab2%20sd%20bab4_lampiran.pdf